我實驗室董云偉教授與斯坦福大學George N. Somero 教授等學者合作開展了海洋軟體動物蛋白質溫度適應機制的研究。2018年1月23日,研究成果以“Structural flexibility and protein adaptation to temperature: Molecular dynamics analysis of malate dehydrogenases of marine molluscs”(蛋白質溫度適應及結構的柔性:海洋軟體動物細胞質蘋果酸脫氫酶的分子動力學分析)為題,在Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (PNAS)(《美國科學院院報》)在線發表,揭示了軟體動物細胞質蘋果酸脫氫酶(cMDH)結構穩定性和功能適應性的趨同進化模式(論文鏈接:http://www.pnas.org/content/early/2018/01/17/1718910115.full)。
為適應不同的生境溫度,酶分子需要保持穩定性(Stability)和柔性(Flexibility)之間的平衡,在一定溫度范圍內,既保證結構的穩定性同時維持酶的催化活性,這是生物對環境溫度的長期進化適應。在高潮間帶耐高溫貝類中,cMDH局部柔性的增長使酶在較低的溫度下能維持催化功能,并在高溫條件(> 55 °C)保持結構穩定和催化功能。該研究以具有不同水平(緯度跨度達40 °)和垂直(從高潮間帶到低潮間帶)分布、生境原位溫度跨度達60 °C的五個屬12種海洋軟體動物為研究對象,結合生化實驗手段和計算機模擬實驗方法,進一步定量測定了cMDH穩定性和柔性變化程度。研究發現,隨溫度升高,冷適應蛋白質穩定性和活性下降趨勢更明顯。蛋白質骨架原子熱誘導運動程度(RMSD)與生物適應溫度之間存在顯著的負相關關系;當溫度從15 °C升至42 °C,柔性變化(RMSF) > 0.5?的氨基酸殘基數隨生物適應溫度升高而降低。此外,該研究還定位了海洋軟體動物cMDH溫度適應性變化發生的位點/區域,指出了氨基酸序列變異位點對其的“遠端效應”。

圖. (A) 具有不同水平和垂直分布、生境原位溫度迥異的海洋軟體動物具有不同的熱耐受性;
(B) 隨溫度升高,冷適應物種cMDH表現出更明顯的穩定性和活性下降趨勢,與物種的熱耐受性對應;
(C) 蛋白質骨架原子熱誘導運動程度(root mean square deviation, RMSD)與生物適應溫度之間存在顯著的負相關關系;
(D) 當溫度從15 °C升到42 °C,柔性變化(root mean square fluctuation, RMSF)> 0.5?的氨基酸殘基數隨生物適應溫度升高而降低。
該研究分析了海洋軟體動物在生化水平上的溫度適應策略,有助于進一步了解生物對溫度的適應機制;對于查明環境溫度對生物分布的影響及其機制,預測氣候變暖的生態學效應具有重要意義。
該研究得到了國家自然科學基金項目(項目編號:41776135、41476115)及福建省杰出青年基金(2017J07003)資助。
董云偉教授個人主頁:http://mel.xmu.edu.cn/teacherfile.asp?tid=353。