近海海洋環境科學國家重點實驗室

海洋生物制備技術國家地方聯合工程實驗室

海水養殖生物育種全國重點實驗室

福建臺灣海峽海洋生態系統國家野外科學觀測研究站

水聲通信與海洋信息技術教育部重點實驗室

福建省海洋經濟生物遺傳育種重點實驗室

福建省海洋碳匯重點實驗室

福建省海洋生物資源開發利用協同創新中心

福建省特色水產品種種質資源保護利用與共享平臺

福建省海洋生物抗菌肽產業技術創新研究院

福建海洋可持續發展研究院

海洋化學與應用技術福建省高校重點實驗室

海洋遙感大數據福建省高校工程研究中心

廈門市海灣生態保護與修復重點實驗室

廈門大學碳中和創新研究中心

“海洋碳匯與未來地球”協同創新中心

廈門大學海洋微型生物與地球圈層研究所

廈門大學海洋觀測技術研發中心

廈門大學海洋氣象與氣候變化研究中心

廈門大學海洋遙感應用技術創新研究院（校級）

廈門大學海洋與地球學院-廈門海嘉成生物科技有限公司海洋動物抗菌肽聯合研究中心（院級）

廈門大學海洋與地球學院-閩銳寶鮑魚聯合研究中心（院級）